本局隸屬於臺北市政府,為本府一級機關;置局長、副局長、總工程司、主任秘書,下設五科二中心二室、會計室、統計室、人事室及政風室;另設新建工程處、水利工程處、公園路燈工程管理處、衛生下水道工程處及大地工程處,組織架構圖如下:
局本部包含局長、副局長、總工程司、主任秘書、專門委員、副總工程司等。
本局各單位職掌如下:
一、土木建築科:本市道路橋梁及相關設施等工程規劃業務,綜合企劃及土木、建築工程相關法規之制(訂)定、修正,道路、橋梁、隧道與公共建築等相關工程之監辦及督導考核。
二、水利科:辦理本局災害防救綜合業務、水利工程處與衛生下水道工程處之查核金額以上工程之監辦作業及所轄廠站營運督導管理作業、主管下水道及纜線附掛法規修訂與核釋、專案執行及交辦事項等綜合業務及其他有關事項。
三、公園大地科:公園、路燈與山坡地水土保持等相關工程業務之規劃及督導,本市舉辦公共工程拆遷補償相關法規之制(訂)定、修正等業務。
四、採購管理科:有關本府採購法規及採購契約、投標須知等招標文件範本之訂定、修訂、疑義釋示、諮詢及契約協助審查與教育訓練,本府採購稽核之事務及廠商檢舉、民意關切及媒體報導等採購案之處理,本府各一級機關查核金額以上採購案之監辦業務,本府各機關採購內部控制之稽查作業,本府公共工程督導會報之採購稽核幕僚業務,本府工程專家諮詢服務團業務。
五、品管及職安科:辦理本府公共工程施工之查核、本局工程材料試驗及其他有關事項。
六、道路挖掘管理中心:辦理本市道路挖掘暨路面修復工程之規劃、設計與施工管理、管線機關(構)管線與附屬設施物之施工管理,管線圖資資料庫建置更新管理維護業務及臺北市道路基金統籌運用辦理路面修復相關工程規劃等事項。
七、聯合採購發包中心:代辦公共工程、勞務、財物採購之招標、決標程序與採購之研議、核准、監辦、督導、諮詢等事項及本府各機關採購人員之採購專業實習訓練。
八、資訊室:研擬年度資訊推展計畫、資訊管理、電腦設備購置、電腦軟硬體維護、電腦教育訓練、本局所屬處資訊設施維護管理之督導、本局所屬各處資訊業務之督導及其他有關事項。
九、秘書室:辦理負責研考、文書、事務、出納及其他有關事項。
十、會計室:辦理本局及督導所屬工程處預算、會計業務。
十一、統計室:依法辦理統計及其他有關事項。
十二、人事室:辦理人員任免遷調、考核獎懲、差勤管理、員工訓練、待遇福利、退休撫卹及其他有關事項。
十三、政風室:負責政風法令之擬訂、政風法令之宣導、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項、政風興革建議、政風考核獎懲建議、公務機密維護及其他有關政風事項。